Como bien se aborda, el Síndrome de Alienación Parental (SAP) no aparece como trastornos en los principales manuales diagnósticos, como el DSM-V y el CIE-10, debido a su naturaleza pseudocientífica, ya que carece de respaldo empírico y no cuenta con evidencia científica o clínica que lo sustente.
Tanto la Asociación Psiquiátrica Americana (DSM-V) como la Organización Mundial de la Salud (CIE-10) lo han rechazado por la falta de consenso en la comunidad científica, el riesgo de mal uso en litigios, y la complejidad de las dinámicas familiares que no se pueden reducir a este concepto.
Esta teoría ha generado una considerable controversia y ha sido objeto de debates y críticas debido a su uso inapropiado en cuestiones de custodia de NNA.
Abogados defensores y grupos de padres alejados de sus hijos han recurrido a ella, lo que ha suscitado preocupaciones sobre posibles sesgos de género en su definición y aplicación. Mientras que, algunos sectores feministas argumentan que este enfoque es adultista y misógino, perpetuando estereotipos que, en casos de abuso sexual o maltrato, pueden llevar a una revictimización.
Finalmente, desde el área jurídica, se ha optado por distanciarse de este concepto, ya que complica aún más las ya intrincadas dinámicas familiares, lo que podría tener repercusiones negativas.